国家林业局对外合作项目中心在推动和扩大国家林业局与国际非政府组织的合作中走过了激情的十年，目前，与该中心合作的国际非政府组织已由上世纪90年代的3个发展到12个，包括世界自然基金会、湿地国际、世界自然保护联盟、大自然保护协会、保护国际、国际林业研究中心、国际林业研究组织联盟、亚太林业培训中心、国际野生生物保护学会、国际爱护动物基金会、森林管理委员会、森林认证认可计划等。这些组织基本上涵盖了世界上最具影响力的国际自然保护组织。
国家林业局与国际非政府组织合作启始于上世纪80年代，起初合作伙伴十分有限，主要局限与世界自然基金会、国际林业研究组织联盟和世界自然保护联盟的合作。进入上世纪90年代以来，随着我国改革开放步伐的加快，国家林业局与国际非政府组织的合作得了快速发展，特别是世界自然基金会、湿地国际等在北京设立办事处，我国以国家名义加入世界自然保护联盟，国际社会组建国际林业研究中心等活动，进一步加强了国家林业局与多边国际非政府组织的合作。合作领域也由单纯的友好往来扩大到学术交流、项目合作、共同主办国际会议等方面。
国家林业局与国际非政府组织的合作领域也逐步扩大，由上世纪90年代末单一的大熊猫保护逐步扩展到目前的湿地保护、生物多样性保护、气候变化、森林认证等领域。在过去的10年间，国家林业局对外合作项目中心先后与上述国际组织开展了不同层次的合作，并与7个组织签署了合作协议/备忘录，与4个组织建立了年会磋商机制，共同执行了一大批合作项目，为我国林业建设作出了积极的贡献。据不完全统计，自2000年以来，国家林业局与国际非政府组织共实施了不同规模的合作项目320多个，争取项目资金2000多万美元，项目培训人员达2300多人次。
除业务合作之外，国家林业局对外合作项目中心还经局领导批准，受外交部委托承担了上述12个国家组织在华业务活动的“业务主管单位”职责，并于2007年10月协助世界自然基金会（瑞士）北京代表处在民政部登记注册。其他组织的注册登记工作正在办理之中。
与政府间国际合作相比较，民间国际合作的主要特点是形式灵活，方式多样，审批程序和手续相对简单，合作领域广泛，不易受干扰。因此，加强与民间渠道的合作，充分利用国际非政府组织的资金和技术，已经成为各国特别是发展中国家的工作重点领域之一。随着我国改革开放的深入和国际社会对环境及生态的重视，更多的国际组织将来中国设立办事机构，实施林业和自然保护项目，协助中国政府部门保护自然资源和改善生态环境，这无疑是一件对我国自然保护事业及国家发展都十分有意义的事情。实践证明，林业民间多边合作不仅是我国林业开辟渠道、争取资金的有效途径之一，也是促进我国林业与国际接轨、及时了解和掌握国际林业动态的重要窗口。
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