火炬松木质素合成中CAD基因单核苷酸多态性检测

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2002-04-29

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北京林业大学学报

JOURNAL OF BEIJING FORESTRY UNIVERSITY
2001 Vol.23 No.6 P.5-9

Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) detection on base sequences of CAD gene in lignin biosynthesis of loblolly pine (Pinus taeda L.).

李新国　张志毅　 David M. O Malley　

摘　要：该研究以美国南部重要的造纸工业用材树种火炬松为材料,利用Transgenomic公司最近推出的Wave?R DNA片段分析系统,快速检测肉桂醇脱氢酶(CAD)基因在个体间的单核苷酸多态性,获得了令人满意的结果.首先利用Oligo 5.1软件对火炬松CAD基因全序列分区域进行引物设计,当设定每一区域能扩增出100～200 bp产物时,共在8个碱基区域(S1～S8)分别设计出了最佳正向引物和反向引物;以来自火炬松12株优树自由授粉种子的胚乳中提取的DNA为材料,对CAD基因8个碱基区域分别进行PCR扩增,有5个碱基区域(S3,S5,S6,S7,S8)得到了唯一的并且与预期碱基长度基本一致的PCR扩增产物,对其余3个碱基区域进一步进行FailSafeTM PCR扩增,它们均在某些PCR缓冲液中得到了唯一的扩增产物;利用WaveR DNA片段分析系统,对6个碱基区域(S2,S3,S5,S6,S7,S8)进行单核苷酸多态性检测,结果表明来自优树2-2的种子与其它11株优树的种子之间存在碱基序列变异,其中在S5,S6区域检测到了较大的单核苷酸多态性,这两个区域分别位于CAD基因的第2和第3内含子(Intron2,Intron3).
关键词：火炬松, 木质素合成, 肉桂醇脱氢酶(CAD)基因, 单核苷酸多态性(SNPs), Wave?R DNA片段分析系统
分类号：S791.255　文献标识码：A

基金项目：实验在美国北卡罗来纳州立大学生物技术实验室完成,得到国家林业局 948 技术引进项目(98-4-04)的部分资助
作者简介：李新国,男,1965年生,博士,副教授.主要研究方向:林木遗传育种和生物技术.电话:010-62338105,Email:li-xinguo@hotmail.com, 地址:100083 北京市海淀区清华东路35号北京林业大学118信箱
作者单位：李新国（北京林业大学生物科学与技术学院）　
　　　　　张志毅（北京林业大学生物科学与技术学院）　
　　　　　David M. O?Malley（美国北卡罗来纳州立大学自然资源学院）　

参考文献：

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收稿日期：2001年1月11日

出版日期：2001年11月1日

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