成渝经济区是长江上游的核心区，也是长江上游工业化、城市化水平最高的区域。该经济区不同于长三角、京津冀经济区的最大特点是它所具有的独特的生态区位，是长江上游生态屏障的重要组成部分。由于该区域的生态环境状况、生态环境质量直接关系到库区生态，关系到长江中下游地区能否可持续发展，因而其生态环境的保护和建设至关重要。
亟须关注的几个问题
三峡库区及其上游地区的水污染治理指导思想上存在一定偏差。生态环境问题是一个全局性的问题，往往是上游影响下游。2000年三峡库区接纳废水44.08亿吨、COD135.55万吨，四川排放量就分别占了53.70%、77.72%。可见，三峡库区水环境质量与上游有着密切关系。国家在重视三峡库区水污染治理的同时，不应忽略影响区和上游区。污染治理的人为区域分割，其结果可能是库区水环境的治不胜治。
退耕还林政策的突然改变不利于长江上游生态屏障的建设。2004年全国退耕还林指标大幅度下降，退耕还林政策的急刹车，会造成部分已退耕的坡耕地不能纳入国家退耕还林计划，影响农民对政府的信任度；给经营苗圃的个体户、林农带来经济损失，严重挫伤他们参与退耕还林的积极性；影响陡坡耕地的继续退耕。
退耕还林补助政策缺乏可持续性。按照国家规定，退耕还经济林补助5年，退耕还生态林补助8年。于1999年10月分步实施的退耕还林工程，有一部分补助已经到期。由于林业生产周期长，川渝境内营造的绝大多数生态林如柏木、马尾松等树种生长缓慢，8年后不能成林成材，不能产生经济效益，而多数经济林树种5年后也不能达到正常产量，经济效益难以保证。如果补助期满之后国家停止钱粮补助，退耕还林的成果非但不能巩固，而且极有可能毁于一旦。
国家投资的治污项目如污水处理厂等大多成为“晒太阳工程”。国家在长江上游城市投资修建的污水处理厂，由于城市管网设施不配套，污水大多不能得到有效处理，已建成的污水处理厂成为“晒太阳工程”。国家花费大量资金在长江上游城市修建的污水处理厂，大多未充分发挥功效。
城市化和城市基础设施建设会带来更大的环境压力。今后20年将是成渝经济区快速城市化时期，城市人口的增加，必然增大城市压力，增加城市生活污水排放量，加重城市河流有机污染。城市大气环境则面临煤烟型和汽车尾气污染的双重压力，城市垃圾将成为困扰城市环境的一个重要问题。城市环境压力将迫使我们加大城市基础设施、环保设施的投资力度，在投资增长不能满足需求的情况下，城市环境质量的下降将不可避免。
几点重要政策建议
建议成立“长江上游暨三峡库区生态经济建设委员会”，建议批准设立“三峡生态经济特区”。流域的开发治理不是一个单独的行政区域能够完成的，需要全流域的统一规划，统一协调，特别是对生态环境的保护，长江水力资源的开发，水污染的防治，更需要全流域的整体规划和共同努力。建议成立“长江上游暨三峡库区生态经济建设委员会”，由中央有关部委和有关省市领导组成，赋予明确的职责，统筹规划和协调流域的生态环境保护治理和重要自然资源的开发。建议批准设立“三峡生态经济特区”，将其提升到全国经济大格局中进行科学定位，这将有利于超越现行行政区划分割带来的负面影响，有利于制定统一的长远规划和相应的战略措施。
继续实施对长江上游地区原有的退耕还林政策。建议中央在生态环境严峻地区坚定地实行可持续的退耕还林还草政策，2020年以前将所有25度以上的陡坡耕地全部退耕；对已经实施退耕的坡耕地实行有效的后续扶持政策，延长退耕还林还草政策补助期限，补助不能减少，以巩固退耕还林的成果，防止二次毁林开荒问题的发生。
加大对长江上游地区生态重建的经济补偿，确立规范的生态转移支付制度。建设长江上游生态屏障，惠及整个长江流域特别是中下游地区。上游地区所作的努力和创造的价值，是通过为中下游提供环境保障、避免洪涝灾害等形式体现出来的。然而，生态屏障生态功能的提供是有投入成本的，地方政府和农民作为退耕还林、森林禁伐等生态重建措施的直接实施者，其经济损失应该得到补偿。补偿途径应包括：向流域内利用长江水能资源进行水利发电的系统或单位收取水资源使用费；向在长江内从事水运的单位和个人收取水资源使用费；受益地区直接给予上游地区实物（如粮食等）补偿；政府代表间接受益者对上游地区给予经济补偿。
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